En 1808, la comunidad se vio obligada a abandonar la clausura durante 15 días por causa de la invasión napoleónica o francesada. Pero en el siglo XX tendría que afrontar aún mayores sufrimientos. El 22 de julio de 1936 el monasterio fue invadido y las monjas apresadas. Liberadas el 10 de agosto, pudieron ser acogidas unas en el Convento de Córdoba, otras en casa de familiares.

Casi tres años más tarde, el 8 de abril de 1939 pudieron regresar a acondicionar el convento para hacerlo nuevamente habitable. La comunidad se reúne el 31 de abril de ese año, poniendo nuevamente la clausura el 2 de febrero de 1940, en tiempos de la M. Priora María Josefa del Niño Jesús.